ポリペプチドは高分子であり、各ポリペプチド配列は物理的及び化学的特性において独自の＊性を有する。合成が困難なポリペプチドもあれば、比較的合成が容易なものもあるが、精製が困難であり、主に水に不溶であるため、精製においては、それらの疎水性ペプチドは非水溶媒中または特殊な緩衝液に溶解しなければならないが、これらの溶媒または緩衝液は生物実験システムへの応用に適していない可能性があり、研究者はこのポリペプチドを使用して研究目的を達成することはできない。
　　
ボオソン社の合成者は長年の模索と蓄積を経て、研究者のポリペプチド設計にいくつかの提案を提供した：
　　
容易になる
　　
1.配列長を減少するペプチドの長さ増加は粗生成物の純度低下をもたらし、15残基未満のペプチドは比較的に容易に得られる。ペプチド鎖が20個以上に増加すると、正常生成物の量が考慮される。具体的な実践では、残基が20未満であるとより良い結果が得られることが多い。
　　
2.疎水性残基の疎水性残基の減少が顕著な優位を占めるペプチド、特にC端から7〜12個の残基の領域では、合成が困難になり、合成中にβ折り畳み片が形成されたため、不*対が発生したと考えられている。もちろん、いくつかの極性残基で置換したり、GlyやProの易開性ペプチド構造を加えたりすることが助けられる可能性があります。
　　
3.「難度」残基を減らす複数のCys、Met、Arg、Try残基は一般的に合成が難しい。Serは通常、非酸化置換として使用することができる。
　　
可溶性の向上
　　
1.N端またはC端酸性ペプチド（PH値が7の場合に負の電荷を帯びる）を変化させることを提案する、N末端アセチル化C末端は、負の電荷を増加させるためにフリーカルボキシル基を保持する。塩基性ペプチド（PH値7で正電荷を帯電）C末端アミノ化N段フリーアミノ基は、正電荷を増加させる。
　　
2.配列の短縮または延長いくつかの配列は、Trp、Phe、Val、Ile、Leu、Met、
　　
Tyr、Alaなどは、これらの疎水性残基が50%を超えると通常溶解しにくい。ペプチドの極性を高めるためには、配列を長くすることが役立つかもしれない。もう1つの選択肢は、疎水性残基を減少させる方法によってペプチド鎖の長さを低下させ、極性を増加させることである。ペプチド鎖は極性が高いほど、水に溶ける可能性がある。
　　
3.可溶性残基の添加はいくつかの極性アミノ酸に対して可溶性を改善することができる。酸性ペプチドはN末端またはC末端に加えることができる
　　
Glu−Glu.塩基性ペプチドは、N末端またはC末端にLys−Lysを加えることができる。もし帯電集団に参加できなければ。Ser−Gly−Zerは、N端またはC端に加えることができる。しかし、ペプチド鎖の両端を変えることができない場合、この方法はできない。
　　
4.1つまたは複数の残基を置換することによって配列ペプチド鎖の可溶性を変化させることは、配列のある残基を変化させることによって改善することができ、一般に単一残基の置換はその疎水性を著しく変化させることができる。この変化はAlaをGlyに置き換えるなど保守的である.
　　
5.異なる「枠組み」を用いて配列を変化させる場合、ある配列を用いて一定の長さの相互直列または重畳ポリペプチドを多く製造することができれば、個々のポリペプチドの開始点を変化させる方法によって配列を変化させる目的を達成することができる。その原理は：同じポリペプチドの親水性と疎水性残基の間に新しいより良い平衡を創造したり、同じポリペプチドの「困難」残基（例えば、2つのCys）を同じ分子内ではなく2つの異なるポリペプチドに入れたりすることである。
　　
北京博奥森生物技術有限公司-ポリペプチド合成室