PCR生成物を室温で1、2日置くのは問題ないが、これは長期的な方法ではない。一時的に1、2時間置くだけであれば、心配する必要はありません。DNAは安定しており、分解することはありません。

ただし、室温で長時間（例えば24時間を超える）放置すると、ストリップがぼやけ始め、分解リスクが徐々に増加する可能性があることに注意してください。周囲温度が高いと分解が速くなります。

‌短期保存（例えば1、2日以内に使用）、4℃の冷蔵庫に入れると、酵素活性を効果的に抑制し、安定を保つことができる。‌長期保存‌（数ヶ月以上）は、-20℃または-80℃で冷凍しなければなりません。これは標準的な方法です。条件が許せば、専用キットで精製してから凍結保存すると、より効果が高く、繰り返し凍結融解による損傷を回避することができる。PCR生成物の保存期間をさらに延長する必要がある場合は、分装凍結保存の戦略をとることを提案する。生成物を複数の無菌EPチューブに分注し、各チューブに1回の使用量を保存することにより、繰り返し凍結融解によるDNA破断リスクを回避することができる。分注時には管口の短い遠心に注意し、液滴の残留による汚染を防止する必要がある。高価値サンプルに対して、緩衝液に適量のグリセリン（最終濃度5%〜10%）を添加することができ、この凍結保護剤は氷晶形成によるDNAへの物理的損傷を低減することができる。

実験室の条件が限られている場合、「塩エタノール沈殿法」を用いて一時保存することができる：1/10体積3 M酢酸ナトリウムと2.5倍体積の予冷無水エタノールを添加し、混合後-20℃に置く。この方法は専門的な凍結保存ほど安定していないが、停電などの突発的な状況下でDNAの完全性を1-2週間維持することができ、使用時は遠心分離して清を捨て、70%エタノールをすすぎ後に再懸濁すればよい。

注目すべきは、蛍光標識を含む生成物は光照射に敏感であり、4℃の環境下でもアルミニウム箔で包まれるように遮光管を用いて保管すべきである。多国籍輸送を必要とするサンプルには、DNA安定保存カードを使用することを推奨し、このスライドサイズの特製ろ紙は数ヶ月間室温で核酸を保存でき、特に野外サンプリングシーンに適している。